Chafer fundó un seminario que ha desempeñado un papel destacado en la vida religiosa de América del Norte. De 1934 a 1952 editó la revista teológica "Biblioteca Sacra" y en 1947 completó su mundialmente famosa Teología Sistemática, publicada en ocho volúmenes. Era un calvinista moderado y sublapsario en términos de explicar el plan de elección a través de la presencia infinita de Dios.
